Toàn tỉnh hiện có 53 bến khách ngang sông đang hoạt động tại 14 huyện, thị xã, thành phố; trong đó có 24 bến đang còn thời hạn hoạt động tại 09 huyện, thị xã, thành phố; có 05 bến đã hết thời hạn hoạt động (tại huyện Hậu Lộc có 02 bến; huyện Nga Sơn, thị xã Nghi Sơn và TP Thanh Hóa mỗi địa phương có 01 bến); có 24 bến chưa được cấp phép trên địa bàn 07 địa phương (huyện Mường Lát 11 bến, huyện Quan Hóa 04 bến, huyện Cẩm Thủy và huyện Thường Xuân mỗi huyện 03 bến; huyện Bá Thước, huyện Yên Định và huyện Hậu Lộc mỗi huyện có 01 bến).

Hoạt động của các bến khách ngang sông trên địa bàn tỉnh còn tồn tại một số hạn chế là: việc chấp hành các quy định của pháp luật về trật tự an toàn giao thông đường thủy của những người đang điều khiển phương tiện chở khách ngang sông tại các bến còn nhiều hạn chế; một số phương tiện đang tham gia chở khách ngang sông tại các bến nhưng chưa được đăng kiểm, đăng ký hoặc đăng kiểm đã hết hạn; các bến khách ngang sông tại các huyện miền núi hầu hết chưa có nhà chờ, biển báo hiệu, nội quy bến; một số bến đường lên xuống bến là đường đất, một số bến đường lên xuống đã được đổ bê tông nhưng đã bị xuống cấp, hư hỏng nhiều, vào mùa mưa lũ việc đi lại của người dân qua những bến này gặp rất nhiều khó khăn.