Đảng bộ thành phố Thanh Hóa có 110 đảng bộ, chi bộ cơ sở với 23.657 đảng viên đang sinh hoạt ở 677 chi bộ trực thuộc; cơ cấu theo các loại hình như sau: Chi bộ trực thuộc đảng bộ phường, xã 521; chi bộ trong các cơ quan hành chính 32; chi bộ trong các đơn vị sự nghiệp 26; chi bộ thuộc khối doanh nghiệp 84; chi bộ thuộc khối lực lượng vũ trang 14. Số lượng đảng bộ, chi bộ cơ sở trong các đơn vị sự nghiệp công lập, ngoài công lập là 12 (gồm 07 đảng bộ, 05 chi bộ trực thuộc) với tổng số 529 đảng viên đang sinh hoạt tại 26 chi bộ.

Thực hiện Quy định số 97-QĐ/TW ngày 22/3/2004 của Ban Bí thư khóa IX về chức năng, nhiệm vụ của đảng bộ, chi bộ cơ sở trong các đơn vị sự nghiệp (trường học, bệnh viện, viện nghiên cứu...), Ban Thường vụ Thành ủy thành phố Thanh Hóa đã xây dựng kế hoạch và tổ chức quán triệt các nội dung của Quy định đến đội ngũ cán bộ, đảng viên trong toàn Đảng bộ; phân công các đồng chí Ủy viên Ban Chấp hành Đảng bộ thành phố trực tiếp phụ trách, chỉ đạo theo dõi và thường xuyên báo cáo tình hình hoạt động các đảng bộ, chi bộ được phân công.

Nhìn chung, các đảng bộ, chi bộ cơ sở trong các đơn vị sự nghiệp trên địa bàn thành phố Thanh Hóa đã xây dựng và thực hiện có hiệu quả nhiệm vụ chính trị; lãnh đạo thực hiện tốt công tác chuyên môn của cơ quan, đơn vị trên cơ sở các quy định của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước; quan tâm đời sống vật chất, tinh thần của cán bộ, đảng viên, viên chức, người lao động.

Công tác chính trị, tư tưởng được các cấp ủy, tổ chức đảng quan tâm; thường xuyên tạo điều kiện cho cán bộ, đảng viên tham gia các lớp bồi dưỡng, cập nhật kiến thức về chủ nghĩa Mác - Lê nin, tư tưởng Hồ Chí Minh; giáo dục truyền thống yêu nước, chủ nghĩa anh hùng cách mạng; nắm bắt kịp thời những tâm tư, nguyên vọng của cán bộ, đảng viên, người lao động để kịp thời giải quyết hoặc đề nghị cấp có thẩm quyền xem xét giải quyết.

Ban Thường vụ Thành ủy đã thường xuyên định hướng các nội dung sinh hoạt của cấp ủy, chi bộ để cán bộ, đảng viên thực hiện; tích cực đấu tranh chống các quan điểm sai trái, tư tưởng cơ hội, các âm mưu, thủ đoạn các thế lực thù địch nhằm chống phá Đảng, Nhà nước; kịp thời xử lý những cán bộ, đảng viên có biểu hiện suy thoái về phẩm chất, đạo đức, lối sống.

Công tác tổ chức bộ máy và cán bộ được quan tâm; thường xuyên chỉ đạo kiện toàn, sắp xếp tổ chức, bộ máy của các đơn vị sự nghiệp công lập theo đúng chức năng, nhiệm vụ được giao. Tập trung chỉ đạo công tác xây dựng, củng cố các tổ chức đoàn thể, góp phần xây dựng đảng bộ, chi bộ cơ sở hoàn thành tốt nhiệm vụ.

Bên cạnh những ưu điểm, kết quả đạt được, việc thực hiện Quy định số 97-QĐ/TW ngày 22/3/2004 của Ban Bí thư khóa IX trên địa bàn thành phố Thanh Hóa còn một số hạn chế như mối quan hệ công tác giữa thủ trưởng cơ quan, đơn vị với cấp ủy vẫn còn tình trạng chưa thống nhất cao về chủ trương, cách thức thực hiện; đồng chí Bí thư cấp ủy đồng thời là thủ trưởng cơ quan, đơn vị nên việc thực hiện chế độ báo cáo để cấp ủy xem xét việc thực hiện nhiệm vụ của thủ trưởng cơ quan, đơn vị còn chưa thường xuyên, ảnh hưởng đến vai trò lãnh đạo của tổ chức đảng; còn tình trạng thủ trưởng một số cơ quan, đơn vị căn cứ vào tính chất, nội dung công việc để tuyển dụng, ký hợp đồng lao động sau đó mới báo cáo với cấp ủy là chưa đảm bảo theo đúng quy định...